Leikkausmenetelmä Paperinsilppuri on ratkaisevan tärkeä asiakirjojen käsittelyn turvallisuuden ja yksityisyyden suojan kannalta. Eri leikkausmenetelmät vaikuttavat suoraan asiakirjojen turvallisuuteen ja yksityisyyteen käsittelyn jälkeen. Nauhaleikkaus leikkaa asiakirjat pidemmiksi nauhoiksi, yleensä 6–10 mm leveiksi. Nauhaleikkurit ovat helppokäyttöisiä ja niiden käsittelynopeus on nopea, joten ne sopivat ei-luottamuksellisten asiakirjojen käsittelyyn yleisissä toimistoympäristöissä. Niiden turvallisuus on kuitenkin suhteellisen alhainen, koska nauhat voidaan koota suhteellisen helposti uudelleen alkuperäisen sisällön palauttamiseksi. Tämä tekee nauhaleikkauksesta sopivan sellaisten asiakirjojen käsittelyyn, jotka eivät vaadi suurta turvallisuutta, kuten mainoskirjeet tai yleiset toimistoasiakirjat.
Sitä vastoin poikkileikkaus tarjoaa paremman turvallisuuden. Tämä menetelmä leikkaa asiakirjat lyhyiksi nauhoiksi tai vinoneliön muotoisiksi paloiksi, mikä tekee asiakirjojen kokoamisesta erittäin vaikeaa. Poikkileikkauskoneet lisäävät tehokkaasti asiakirjojen turvallisuutta poikkileikkausasiakirjojen käsittelyn jälkeen. Tämä leikkausmenetelmä soveltuu arkaluontoisten asiakirjojen, kuten henkilötodistuskopioiden tai tilinpäätösten käsittelyyn. Ristiinleikkaus ei ainoastaan tarjoa korkeampaa suojausta, vaan voi myös parantaa käsittelyn tehokkuutta jossain määrin, mikä tekee siitä yleisen valinnan kotitoimistoissa ja pienyritystoimistoissa.
Korkeinta suojaustasoa vaativassa asiakirjojen käsittelyssä mikrohiukkasten leikkaus on suositeltava menetelmä. Mikrohiukkasleikkaus leikkaa asiakirjat erittäin pieniksi hiukkasiksi, yleensä jokainen paperi leikataan sadoiksi tai jopa tuhansiksi pieniksi hiukkasiksi. Tämä leikkausmenetelmä tekee asiakirjojen palauttamisen tai uudelleen kokoamisen lähes mahdottomaksi, joten se sopii erittäin hyvin arkaluonteisten asiakirjojen, kuten yrityksen luottamuksellisten asiakirjojen, juridisten asiakirjojen tai henkilökohtaisten arkaluonteisten tietojen käsittelyyn. Vaikka mikrohiukkasleikkauskoneet tarjoavat korkeimman tason asiakirjojen turvallisuuden, niiden käsittelyteho ja kestävyys ovat yleensä korkeat, ja ne sopivat pitkäaikaiseen ja korkeataajuiseen käyttöön.